万寿岩遗址博物馆建于2005年，2006年11月开馆并对外开放。该馆占地面积5600平方米。建筑面积2500平方米，共展出文物197件，主要陈设1999年以来万寿岩遗址的发掘和研究成果，以及福建省的旧石器时代考古新发现，是福建省唯一 一处旧石器时代遗址专题博物馆。现在福建省爱国主义教育基地，福建省科普教育基地，三明市十大人气名片之一。

福建省三明市的船帆洞与灵峰洞均位于万寿岩的孤山上。船帆洞在灵峰洞的西北，相距约50米，洞口离地表约3米。该遗址最重大的发现是在堆积物的第7层底部揭露出面积约120平方米石铺地面。这样的古遗存在国内尚属首次。

万寿岩遗址博物馆分为两个展厅，第一展厅主要展示万寿岩出土的文物：1000多件旧石器时代石制品、1000多件哺乳动物化石、人类最早的室内装修人工石铺地面等；第二展厅主要展示全省各地出土的石制品、1000多件哺乳动物化石和闽台史前文化等文物。